Старата завршува со Кериган како „кралица“ на речиси целиот универзум, а тераните и протосите се во хаос. Но, наместо да го доврши започнатото, таа ненадејно се повлекува, и остава да помине време од 4 години, по кое зерговите повторно ги напаѓаат другите раси, со што започнува и вториот дел.
Во меѓувреме, Арктурус Менгск е АПСОЛУТЕН владетел на тераните, и има апсолутна контрола над сите нив, со исклучок на отпадниците познати како Raynor's Raiders, чија глава е, секако, Џим Рејнор. Планирајќи бунт против Менгск, Рејнор прифаќа да извршува мисии за пари, за мистериозната корпорација Мобиус, чија цел е наоѓање на стари, вонземјански артефакти. Заплетот настанува кога ќе испадне дека и зерговите, односно Кериган е во потрага по истите тие артефакти. А протосите се нивни чувари. Зошто/што/како, дознај сам... Ако кажам уште нешто, постов повеќе нема да биде spoiler-free.