Денес најраширена хипотеза настанот во Тунгуска е дека била експлозија на многу мегатони ослободени на околу 5-10 километри височина од уништувањето на небесно тело во неговата интеракција со атмосферата.
Ако за неговото космичко потекло се има слога, за природата на објектот, пак има две различни чколи на мислење. За Советските истражувачи се работи за комета, додека пак за западните за астероид. Личи речиси на политички избор, наследство од Студената војна, но вистината е дека малкуте елементи што се на располагање можат да бидат во прилог и на едните и на другите.
Тоа што го прави настанот Тунгуска една голема тајна е фактот што денес, 100 години по настанот, нема апсолутно никаков фрагмент, парче, остаток од овој небесен објект. Направени се хемиски анализи (иако се најдени мали количества на аномални прашини заробени во смолата на дрвата) и направени се, барем до пред неколку месеци истражувањата на кратерот. Единствен сигурен податок, беше ова невидено уништување. Недостигот на евидентен кратер сугерира дека телото што експлодирало не можело да биде железен метеорит, туку некое покршливо тело, како камен астероид или мала комета. Руските научници ја преферирале втората хипотеза, бидејчи кометата е составена од честички прашина и мраз, кои не би успеале да создадат кратер. Уште едно објаснување за Тунгуска би можело да биде дека катастрофата била предизвикана од рапидно согорување на метан кој бил испуштен во воздух од земјата.
Во недостиг на метеорски парчиња за анализирање, процените за природата на небесното тело од Тунгуска мора да се основаат врз други елементи, повикувајќи се пред се на феноменот на интеракција помеѓу метеоритите и атмосферата. Од 2001 пак на сцената се појави нов тип на истражувања од кои избиваат други теории.